Dès 1562, l'empereur Maximilien II crée le haras impérial de Kladrub, en Bohème, ou il fait venir des chevaux andalous, toutefois l'endroit n'est pas idéal, les terres étant souvent inondées.

C'est e n 1580, que l' archiduc Charles crée le haras de Lipizza, au nord de Trieste, sur le plateau du Karst, renommé pour l’élevage des équidés depuis l’antiquité. le caractère du climat (l'hiver la région est balayée par des vents glacés), et la nature des sols (terrain très calcaire) ont façonné le lipizzan qui a acquis ainsi sa légendaire robustesse.

Ce haras devait assurer la remonte du manège espagnol de Vienne, aussi dès la création de ce haras, Charles VI importa d’Andalousie, en raison de leur aptitude particulière au travail de manège, neuf étalons et vingt-quatre juments. Ces chevaux qui constituèrent la première remonte du haras, furent croisés avec les descendants de l’antique race indigène.

Puis la cour de Vienne soucieuse d’améliorer cette nouvelle race, continua d’acheter d’autres chevaux espagnols. A partir de 1700, il fut procédé à de nouveaux apports de sang provenant d’étalons italiens, allemands, et danois d’origine ibéro-arabe.

La fixation du type lipizzan dans ses caractéristiques essentielles et son usage de cheval de parade et de combat sont déjà en parties obtenus en 1735 au moment de l’inauguration du manège impérial. Il va remplacer les andalous pour demeurer jusqu’à nos jours l’acteur principal des grands carrousels et des fêtes somptueuses.

La monarchie austro-hongroise fonde l’école Espagnole de Vienne en 1572 ; espagnole par l’origine des chevaux, l’académie étant constituée à cette époque de chevaux andalous. Le prestigieux manège, chef-d’oeuvre de l’architecture baroque sera achevé en 1729.

C’est sous le règne de l’impératrice Marie-Thérèse que les lignées commencèrent à se dessiner. L’élevage fut circonscrit aux cinq, puis six lignées dites pures :

• CONVERSANO: Napolitain noir, né en 1767, 
• MAESTOSO: Gris, né en 1773 au haras de Kladrub
• FAVORY: louvet, né 1779 au haras de KladrubNEAPOLITANO: Napolitain bai, né en 1790SIGLAVY: Pur sang arabe, né en 1810, crée une nouvelle et dernière lignée.

Bien que trois des étalons pères de lignées soient blancs, c’est grâce aux infusions de sang arabe que fut génétiquement favorisée la robe blanche, considérée comme celle des “chevaux impériaux”. Cette robe devient prédominante au début du XIX ème siècle et constitue dès lors une des caractéristiques de cette race. Il existe aujourd’hui en Hongrie, des Lipizzans noirs et bruns, mais ces derniers ont une souche génétiquement différente, comme les lignées de TULIPAN et INCITATO ( qui sont assimilées aux six lignées classiques).

Les six lignées d’étalons et les dix-huit familles classiques de juments (juments grises du Karts) constituent la base de l’élevage Lipizzan.

A Lipizza, le nombre de chevaux ne cessera de croître pour atteindre sous le règne de l’impératrice Marie-Thérèse cent cinquante poulinières.

Les différentes guerres qui ont enflammé l’Europe centrale durant quatre siècles vont entraîner des exodes multiples pour les Lipizzans. Le haras de Lipizza sera plusieurs fois déplacés au cours des guerres napoléoniennes et turques, sans grand dommage si ce n'est la perte des archives. Après la première guerre mondiale et l'effondrement de la monarchie austro-hongroise la province de lipizza doit être remise à l' Italie conformément au traité de versailles. Une centaine de chevaux sont confiés à l' Italie, certains sont rendus à la Yougoslavie.

Seuls 87 chevaux restent en Autriche et intègrent le haras de Piber en styrie, créé pour l'occasion. Le sauvetage de la race en Autriche revient en partie au comte Van der Stren qui va puiser dans sa fortune pour assurer l'avenir du lipizzan.

En 1921, le ministère de l'agriculture reprend l' élevage en main. En 1938; proclamation de l'Anschluss par Adolf Hitler, L'école de Vienne est dirigée par l'armée allemande. Entre 1941 et 1942, les haras de Lipizzans : autrichien, italien, hongrois, tchécoslovaque,yougoslave et macédonien sont transférés par le ministère de l'agriculture du Reich au haras d'état de Hostau en Bohème.

En avril 1945, le II ème régiment de cavalerie américain commandé par le colonel REED place le haras sous sa protection. Hors le haras de trouvait dans une zone assignée aux forces soviétiques par les accords de Yalta. Le général Patton pris la décision de mettre les chevaux en sécurité en zone américaine à Schwarsenberg.

Ce sauvetage des Lipizzans par les troupes américaines en mai 1945 inspira a Walt Disney son film "le grand retour", film qui contribua à la popularité de l'Ecole Espagnole de Vienne dans le monde entier.

Les grands centres d’élevage du Lipizzan sont aujourd’hui dispersés dans de nombreux pays ; Piber en Autriche, Lipica en Slovénie, Djacovo en Croatie, Szilvasvarad en Hongrie,Topolcianskiy en Slovaquie, Kladruby en Tchékie, Simbata de Jos en Roumanie et Montérotondo en Italie.